3月13日，为进一步强化疫情防控措施，配合疫情防控工作，上海市客运站自明日（3月14日）起将全部暂停营运。
据统计，截至目前，上海已有9家道路客运场站（美兰湖客运站、北站、浦东机场客运站、嘉定客运站，虹桥长途汽车站，崇明客运站，松江客运站，车墩客运站，长途客运总站）暂停经营，共停班道路客运班线701条，班次1011班，主要方向为江苏、浙江、安徽、山东、江西等省市。
停运的客运站将做好公示，对已购票旅客全额退款并做好解释工作。上海市新冠肺炎疫情防控工作领导小组办公室要求市民非必要不离沪，确需离沪的人员须持有48小时内核酸检测阴性报告，来沪返沪的人员须持有抵沪前48小时内核酸检测阴性报告。
◆ 轮渡限流
上海市内轮渡载客调整为船舶客位数的50%，且公司内部全员核酸检测。“乘客乘坐轮渡需全程佩戴口罩，如遇未佩戴者将及时劝阻。另外，我们一直保持一天三消毒的频次，分别是早高峰、下午1时以及收渡后各一次。”上海轮渡相关负责人表示。
◆ 往返市区至崇明部分轮渡航班
14日起暂停运营，上海客轮公司最新发布，为进一步做好当前疫情防控工作，明天（3月14日）起，南门—宝杨航线部分航班暂停运营，具体停运航班如下：南门至宝杨：9:30、10:30、13:30、14:30；宝杨至南门：9:30、10:30、13:30、14:30。其他航线航班保持不变，旅客暂不需要提供核酸检测结果。
◆ 地铁“佩戴口罩”现场提醒正在加强
上海地铁每日停运维护时，在29个车辆基地中，数百名物业保洁员为全网络约7000辆列车、505座车站（11号线昆山段停运）清洁消毒。
“佩戴口罩”现场提醒正在加强。所有运营车站（含磁浮线）广播频次提高为五分钟一次；所有在线运营列车（不含磁浮线）车厢广播频次提高为每站播放；metro大都会app和平安地铁app中，增加了相关内容的提醒。“此前出现过乘客在车厢内佩戴口罩不规范的现象，近期我们将加强车内巡查，对相关行为进行主动劝阻和引导。”相关负责人表示。
◆ 途经中风险地区的公交线路，升级疫情防控举措
根据疫情防控要求，交运巴士运营中车辆及站点打开新风系统或增加通风频次；进、出站口安检人员、测温人员、检票员等，每周进行1次核酸检测；防疫广播增加播放频次，加强对乘客规范佩戴口罩的提醒。
途经中风险地区的公交线路升级疫情防控举措。在巴士一公司所属66路丰镇新村终点站，消毒人员沙兵穿着防护服、佩戴好手套和口罩，对66路车厢内部进行消毒。“66路因途经中风险地区，执行一程一消毒规定。”每消毒完一辆车，他都会从后车厢到前车厢检查一遍，确认全面消毒后再让车辆开始运营。
巴士二公司49路、198路、199路、830路等28条公交线路根据疫情防控要求，除严格执行营运车辆“一程一消毒”、起讫站候车座椅“4小时一消毒”等防疫规定以外，利用实时监控等信息化手段密切关注车厢拥挤程度，通过加密发车班次降低车厢满载率。与此同时，要求营运途中须保持车厢通风状态，启用空调时选择外循环模式。