由于碧玺的成分十分复杂，颜色也复杂多变。现在国际珠宝界基本上按颜色和其光学效应对碧玺划分商业品种大致可分为九种。
碧玺的颜色分类：
红碧玺
红色碧玺中以紫红色和玫瑰红色最佳，在中国有“孩儿面”的叫法。但自然界以棕褐、褐红、深红色等颜色产出的较多，色调变化较大。
绿碧玺
绿色碧玺包括浅绿到深绿、黄绿或棕绿。有的颜色可能灰暗或很深，只有透过光才看得出来。最好的是翠绿色，在欧洲和巴西曾被误认为祖母绿，可见其名贵程度。目前只在巴西和马达加斯加有产出。
蓝碧玺
纯蓝色的碧玺非常稀有，常见深紫蓝或绿蓝色。颜色饱和度高的比较珍贵，有时称“蓝碧玺”。偶见浅蓝到浅绿蓝色。
黄色和橙色碧玺
矿物学家有时把棕色碧玺叫镁碧玺。纯黄或橙色的碧玺很难见到。不同深浅的黄棕或棕黄色者很受欢迎，绿棕到棕绿、橙棕到棕橙和绿黄色者也有一定销路。颜色较深、光泽度差者几乎没销路。
无色或白色碧玺
有时称白碧玺，在宝石市场上几乎没什么价值，除非具猫眼效应等特殊光学效应。
黑碧玺
矿物学家叫它黑碧玺。非常常见的碧玺，价值不高，偶尔用来代替煤精或黑玉髓装饰在便宜的首饰上。
多色碧玺
一个晶体上有两种或两种以上的颜色，或上下不同，或内外有别。若中间红，外边绿，又叫“西瓜碧玺”。多色碧玺有时作宝石用，但更适合不切磨而作晶体标本观赏或收藏。
猫眼碧玺
有的绿色碧玺中有很多细缝或针状包裹体，切成弧面型，可见猫眼效应。其它颜色的有猫眼效应的少。
碧玺变石
非常稀少，偶见报道。阳光下黄绿到棕绿，灯光下橙红。
碧玺的中外历史文化
中国
最早记录碧玺的中国文献是清代典籍《石雅》，之中就有对碧玺的记载，书中记载了碧玺的颜色特征，但是没有介绍碧玺的来源，在不同的典籍中对这种美丽宝石的称呼都不一样，最后仅有“碧玺”一次被沿用至今，并成为人们今天对它的普遍称呼。据历史记载，清朝慈禧太后非常喜欢碧玺，在她的殉葬品中，有一朵用碧玺雕琢而成的重量约5092g的莲花和西瓜碧玺做成的枕头，当时的价值为75万两白银，可惜这件文物已经被盗，至今不知去向。
西方国家
西方的传说中，对碧玺的来历有着较为清楚的记载碧玺，在西元1703年的一天，荷兰的阿姆斯特丹有几个小孩玩著荷兰航海者从远方带回的石头碧玺，惊讶这些石头有一种能吸引或排斥轻物体如灰尘或草屑的力量，并且发现这些石头除了在阳光底下出现的奇异色彩外，因此，荷兰人把他叫做吸灰石。电气石这个名字是西方科学家给予的，这个名字的真正由来是在西元1768年，一名瑞典著名科学家林内斯发现了碧玺还具有压电性和热电性，从而为它定名为"电气石"。一直到 现在，碧玺还常在科学上被用于发光强度与压力变化的测定。
三大稀有碧玺
1.碧玺之王—帕拉伊巴碧玺
帕拉伊巴碧玺的颜色主要表现为绿色至蓝色的各种色调。绿色品种深至近祖母绿色，亮蓝色品种则更为稀有，色泽独特，令人心醉，最纯正的品种显示出非常独特的“霓虹蓝”。帕拉伊巴碧玺与蓝碧玺最大的区别在于，其蓝绿色调来自它含有的高浓度铜元素。通常，极微量的铁、锰、铬、钒等元素造就了碧玺美丽多变的颜色，但对帕拉依巴碧玺而言，铜元素才是使帕拉依巴碧玺如此与众不同的根本原因。
这种表现为蓝绿色闪耀着电光火石般霓光的碧玺最早于1989年在巴西东北角大西洋岸帕拉伊巴州被发现。2001年和2005年，人们在非洲的尼日利亚和莫桑比克两地又发现了这种碧玺。现在，这种碧玺产量极少，大颗粒的非常罕见。作为碧玺中的特殊品种，帕拉伊巴碧玺的稀少程度远胜于钻石，因其有着极为特别的霓虹色彩，被尊为碧玺之王。在近年的拍卖行中，极品帕拉伊巴碧玺的拍卖价格甚至超过了钻石首饰。据江峰介绍，由于单价高，数量少，目前天津市场上的帕拉伊巴比较少见。
2.艳丽稳定—红宝碧玺
红宝碧玺的色调是粉红色至红色，由锰元素致色，双向色均为暖色，色彩纯正、艳丽且极为稳定。在宝石的世界里，除红宝石之外，很难有一种宝石能与之相比较。“区分红宝碧玺与普通红碧玺主要看两点，是否带棕色调及针状包裹体。”
许多宝石的颜色会因光源不同而改变，但是红宝碧玺的颜色却不会受光源影响，然而普通红碧玺在人工光源下或多或少会显现出明显的棕色调。此外，红宝碧玺的包裹体呈针状，一条一条顺从一个方向排列，普通碧玺的包裹体就是一般的晶体裂纹、脏点等非针状的。
红宝碧玺的产量极其稀少，并且要经过严格的品质评定，珍贵的品质和稀有的矿藏使得红宝碧玺的价值远高于其他碧玺。目前，净度和颜色是影响红宝碧玺价格的主要因素。一般的红宝碧玺包裹体比较多，使其价格大受影响，1克拉价格在几百到几千元不等。由于产量稀少，所以真正晶体干净、颜色鲜艳的红宝碧玺十分少见。颜色越红越纯的红宝碧玺价格也就越贵，而像红宝石那样的红色价值最高。
3.绿皮红瓤—西瓜碧玺
西瓜碧玺是碧玺中非常稀有的一个品种，它内红外绿，因酷似西瓜模样而得名。一般认为只要颜色组合为红绿二色的碧玺皆可称为西瓜碧玺。最好的西瓜碧玺有如一刀切开两半的西瓜，周边是一圈绿皮，中间是红瓤。西瓜碧玺原矿要求纵轴轴心是红色，而轴心外沿是绿色。